En términos geológicos se considera a este río como el límite entre Centroamérica y Sudamérica, más allá de que para simplificar se acepte el límite político que es la frontera entre Colombia y Panamá.
Si Colombia se destaca a nivel mundial por su extraordinaria biodiversidad (se considera que en su territorio de 1.142.000 km2, más unos 800.000 km2 de aguas territoriales, se halla el 30% de toda la flora y fauna del planeta), un lugar destacado le corresponde a la cuenca del Atrato: es el sitio con mayor variedad animal y vegetal del país, superando incluso a la Amazonia. Esto se debe a la presencia de selvas ecuatoriales (ver fotografías relativas a las riberas del río y sus afluentes) y cadenas montañosas contiguas (por el E los Andes Occidentales separan sus aguas de la cuenca del Cauca-Magdalena) que hacen descender la temperatura y, por lo tanto, son hábitat de especies distintas.
Desembocadura de uno de los múltiples brazos de su delta, que ingresan aportando sedimentos al golfo de Urabá, en el extremo SO del Caribe colombiano, cerca de la frontera con Panamá. Se hicieron cálculos respecto al caudal que lleva al mar: en 11 días y medio, el agua vertida serviría para cargar a pleno todos los diques existentes en Colombia.
Hasta la actualidad, el río y sus afluentes son la única vía de comunicación fiable para los habitantes de la zona. Las carreteras son pocas, permanentemente anegadas por las lluvias y demasiado peligrosas por la guerra civil que se hace sentir con terrible crueldad en la región del Chocó. La Costa Pacífico es la Colombia negra por excelencia, aún más que la Costa Caribe; y una de las partes más pobres y subdesarrolladas del país. En la foto inferior, la ciudad de Quibdó, a orillas del río, es la capital del Chocó.
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